1939年（民国二十八年）5月，叶飞奉命率团与无锡、江阴等地游击队合编为江南抗日义勇军，任副指挥。6月指挥夜袭浒墅关车站，使宁沪铁路线一度中断。7月下旬突袭上海虹桥日军机场，烧毁敌机4架。后与丹阳游击纵队合编为新四军挺进纵队，任纵队政治委员兼副司令员，旋即北渡长江，在扬州、泰州地区开展抗日斗争，参与开辟苏北抗日根据地。

1940年（民国二十九年）7月，任新四军苏北指挥部第1纵队司令员兼政治委员。十月在黄桥战役中，率部适时出击，经3小时激战，全歼国民党顽固派军队韩德勤部独立第6旅，并协同兄弟部队歼灭韩部主力第89军。

1941年（民国三十年）皖南事变后，叶飞任新四军第1师第1旅旅长兼政治委员和苏中第3分区中共地委书记、副师长，参与指挥苏中地区反“扫荡”、反“清剿”和反“清乡”作战。

1944年（民国三十三年）3月，叶飞指挥车桥战役，以围点打援的战法，歼灭日伪军近千人，打通了与苏北、淮南、淮北地区的战略联系。

1945年（民国三十四年），叶飞起任第1师师长兼苏中军区司令员和中共苏中区委书记、苏浙军区副司令员，参与指挥天目山反击战。

解放战争初期，任山东野战军第1纵队司令员，率部收复泰安、大汶口，参加胶济路反击战和宿北、鲁南战役。

1947年（民国三十六年）2月，起任华东野战军第1纵队司令员兼政治委员、第1兵团副司令员兼第1纵队司令员，率部参加了莱芜、孟良崮、豫东、济南、淮海等重要战役。

1949年2月，叶飞任第三野战军第10兵团司令员。4月参加渡江战役，率部解放丹阳、常州、无锡和苏州。5月参加上海战役后，率10兵团进军福建，先后发起福州、漳（州）厦（门）战役。8月兼任福建军区司令员，组织指挥部队清剿国民党残余武装和土匪。

1949年10月24日，新中国成立的第24天，人民解放军28军下属三个团共九千余人渡海进攻金门，在叶飞主导的指挥体系指挥下发起金门战役，在岛上苦战三昼夜，因后援不继，损失惨重，败退。

1953年，叶飞起任中共福建省委第二书记，南京军区副司令员，福州军区司令员，中共中央华东局书记处书记。在主持福建省工作期间，建立了第一批新兴工业基地，并大力发展农业、交通运输、水利电力和文化教育事业。

1956年6月，时任福建省省长的叶飞当选为中共福建省委第一书记。8月，叶飞任福州军区首任司令员兼政治委员。

1957年9月，韩先楚担任司令员，叶飞专任政治委员。作为福建省党政军主要领导人，叶飞把工作重心和主要精力放在抓福建的社会主义革命和建设方面。

1958年，中央决定炮击金门，毛泽东仍点将叶飞将军指挥。其时叶飞已任福建省委书记，福州军区司令员职由韩先楚将军接任。

“文革”期间受到冲击，叶飞的海外关系成了一大罪状。“四人帮”给叶飞加上了“里通外国”的罪名。

1975年1月，恢复工作并出任国家交通部部长，全面整顿生产秩序，努力振兴国家交通事业。

1975年，中国和菲律宾建交。菲总统马科斯访华，送周恩来总理数盒雪茄。总理取一盒转送叶飞将军，曰：“叶飞同志是中国的将军，也是菲律宾的儿子。”

1979年，调任人民解放军海军第一政治委员。

1980年1月至1982年8月，任海军司令员。

1983年10月至1988年8月，兼任华侨大学校长。

1988年8月至1999年4月，任华侨大学名誉校长。

1999年4月18日，因病在北京逝世，享年85岁。

叶飞在革命早期就参与领导了霍童暴动，创建了闽东红色根据地；抗日战争爆发后，任新四军第三支队第六团团长，胜利指挥了郭村保卫战、车桥战役等，屡建奇功，为抗日战争的胜利作出了重大贡献；解放战争期间，历任华东野战军第一纵队司令员兼政委，第三野战军第十兵团司令员，率部参加了莱芜战役、孟良崮战役、豫东战役、济南战役、淮海战役等重要战役，在孟良崮战役中叶飞率领华东野战军第一纵队成功分割国民党七十四师，一面顶住七十四师的反扑，一面挡住敌其他部队的增援，配合其他解放军部队成功歼灭国军五大主力之首的七十四师，后又率部解放了包括无锡在内的一系列大城市和福建省，为中国人民解放事业立下了赫赫战功；新中国建立后，1958年受命炮击金门，有力打击了美帝国主义企图分裂中国的阴谋。

20世纪50年代，叶飞主持福建省委工作期间，带领全省广大干部群众，克服自然条件恶劣和缺资金、少技术等困难，移山填海、劈山筑路，建成厦门海堤、鹰厦铁路等一批重大工程项目，为福建经济社会发展奠定了重要基础。1975年1月，叶飞出任交通部长。当时正处于“文化大革命”期间，江青一伙利用“风庆轮事件”向周恩来、邓小平等国务院领导人发难，阻挠和破坏国家远洋船队建设。叶飞同志坚决贯彻落实毛泽东主席、周恩来总理的指示要求，冲破江青一伙的重重干扰，拟定1975年贷款买船方案，提交《关于继续利用贷款买船及有关问题的请示》，得到叶剑英、邓小平、李先念等领导同志的批准和支持。中国的远洋船队吨位在1975年翻了一番，开始走上发展壮大之路。

《叶飞回忆录》

新华网：在中国革命战争史上，叶飞是个传奇式的英雄。

中国共产党新闻网：人们心目中的叶飞，是一位可亲可爱的将军，一位功勋卓著而品德高尚的将军，一位钢铁炮弹和“糖衣炮弹”都打不倒的将军。

人民网：解放战争时期，叶飞素以骁勇善战著称，被称为三野“悍将”。

周恩来：叶飞同志是中国的将军，也是菲律宾的儿子。

华东野战军副政委谭震林：梅兰芳式的人物。

中共中央政治局委员、全国人大常委会副委员长李建国：叶飞同志在70余年的革命生涯中，长期担任国家、军队和地方的重要领导职务，是我军著名的高级将领，在政治、经济、军事等方面都有突出建树。他的光辉业绩和卓越贡献，深深铭记在我们心中。他的革命精神和崇高品格，永远值得我们学习和怀念。

1938年（民国二十七年）1月，叶飞由闽东下山至福州，与国民党谈判合作抗日事。国民党福建省主席陈仪于省政府会见了叶飞。叶飞进到陈仪办公室，陈仪仔细打量叶飞后惊讶的问：“你就是叶飞？！”叶飞就答道：“是呀。”陈仪当时情不自禁的说：“你是个书生嘛！”。当晚，陈仪设宴招待双方谈判人员，叶飞特意穿着缴获的国民党军保安旅旅长毛料军服，昂然入席，目不旁视。国民党军方面如保安司令等人虽不悦，亦难言。

1976年7月，中央召开计划工作座谈会。王洪文亲自出马，以批判“条条专政”为名，加“崇洋媚外，买船卖国”之罪名于交通部。为此，交通部党组开会研究发言内容，有人建议以交通部党组名义作一“检讨”。时任交通部部长的叶飞将军闻之大怒，曰：“买船问题，不能检查。买船是中央领导叫办的，是中央决定的，怎么检查？”继而曰：“这个问题不能在计划工作座谈会上讲，要讲就到政治局去讲。政治局决定的事情，我们无权检讨。那个报告，政治局委员全画了圈嘛，江青也画了圈嘛！”又敲桌曰：“我是部长，天大的事我负责，该当何罪由我去，你们慌什么？大不了一死。革命几十年，不能死了让后代骂！”再拍案而起，曰：“我们不检讨，也无权检讨。就是杀了我的头也不检讨！”会后，大字报《叶飞依然故我》、《叶飞你要把机关运动引向何方》等，汹汹而来，兴师问罪。叶飞将军依然故我，不违心检讨半个字。

叶飞将军思想活跃，观点前卫。苏小明，海政文工团歌唱演员，1980年以一曲略有通俗韵味的《军港之夜》走红。其时非议之声汹汹，批其为“靡靡之音”。总政领导和有关业务部门多次不点名批评海军。叶飞将军闻知，则邀请部分懂行的老同志一起观看有苏小明参加的海政歌舞团的演出。之后，将军在病房里接见了海政歌舞团的领导和苏小明，明确表态曰：“《军港之夜》的歌，反映部队生活，有海味、有兵味，不错。革命歌曲也不一定非得都是进行曲，都是硬邦邦的口号，表现形式可以多种多样。”将军鼓励苏小明：“只要战士喜欢、部队喜欢、广大群众喜欢，就可以大胆地演、大胆地唱！”叶飞将军一锤定音，《军港之夜》风波遂平息。

叶飞同志对子女严格要求，考虑到自己分管侨务工作和在侨界的影响，他和夫人一起同子女“约法三章”：第一，立足国内成才，不一定都要到海外求学；第二，不得利用父母的关系下海经商谋利；第三，不准因为私利与华侨、外籍华人拉关系。

父亲

父亲：叶荪卫，福建南安人，华侨小商人。1900年漂洋过海，至菲律宾奎松省地亚望镇谋生。后娶当地人麦尔卡托小姐为妻，生两子，长子叶启存；次子叶启亨，即叶飞将军。

哥哥：叶启存

弟弟：敦尼、撒牙孜、叶大兴

妹妹

叶飞自参加中国革命后，就与华侨家庭断绝了一切音信联系。新中国成立后她妹妹因经济困难与叶飞有过一次书信往来，叶飞给爱玛回了一封信，说明自己的情况和态度，表示如果弟妹愿意回国，他可以负责他们的生活。此信一去，爱玛再也没回信。他妹妹爱玛一辈子独身，没有建立自己的家庭。这件事叶飞一直挂在心里。

妻子

妻子：王于畊

子女

长女：叶小楠

叶飞故居在福建省南安金淘镇占石村，为清代所建，与普通民居一样，为一般的土木建筑，建筑面积480平方米。建筑布局两进五开间带单列护厝，坐南朝北。故居已经修葺，现辟为“叶飞将军纪念馆”。门前有南安市文物管理委员会竖立的“叶飞故居文物保护单位”；大门匾额题“叶飞同志故居”六字，为著名书法家沈鹏先生所书。故居内陈列着叶飞将军生前事迹的照片、文字资料、少时和战争年代的部分生活用品等，展示了将军一生的显赫战功。

2014年5月6日，江苏省新四军研究会在南京举行开国上将叶飞同志百年诞辰座谈会。新四军老战士、叶飞同志的老部下、开国将军后人和党史军史研究者50余人与会，并在座谈中回忆了在叶飞麾下战斗的岁月及与叶飞相处的点滴故事。